人類大約3歲左右，就可以清楚表達好惡，例如，可以說出喜歡紅色，愛吃巧克力，偏好停留在戶外，或是穿裙子會比較開心…..等等，換句話說，早在真正有記憶前，人就知道如何摸索自己的喜好。
那從什麼時候開始，人類知道自己喜歡另一個人，「喜歡」又是什麼感覺？這通常須要靜下來，花比較長的時間與自己對話，但是，到底需要多少時間呢？嗯....自己也無法掌控，萬一，在時間上陰錯陽差，自己都還沒確認是否喜歡對方，對方先表白，要不要接受，接受會不會是錯誤？
根據統計，人類最想做的事第一名，就是修正過去的錯誤。時間具有不可逆轉性，錯誤又讓人遺憾，所以，能夠修正過去的錯誤，也就名列前茅，成為人類最想做的事。錯誤一定要修正嗎？誰也無法肯定的回答。
「喜歡」、「錯誤」與「時間」混合成複雜的人生課題，「穿越時空的少女」試著思索這些課題，並提出一些簡單的觀點。
17歲，高二的紺野真琴，如同時下所有17歲少女，天真以為可以和兩位男同學兼死黨功介和千昭永遠在一起。每天放學後，真琴抛下一天的煩惱與不快，狂奔球場和他們練習棒球，在他們面前，真琴無須掩飾，可以無拘無束跟他們閒聊，盡情做自己，真琴喜歡也享受這二位朋友相伴的時光。
在無意間，真琴發現擁有穿越時空的能力，於是，她回到過去修正所有倒楣的錯誤，並愚蠢的一次又一次將每個錯誤修正到完美。當死黨千昭向她告白，在毫無心理準備，她不知所措，也搞不清楚自己真正的心意，她回想起姐妹淘友梨暗自喜歡千昭這檔事，在進退二難下，她鴕鳥的想維持所有的好友關係，所以，她選擇跳躍時空的方式，迴避千昭的告白。告白失敗的千昭，轉而與友梨交往，這讓真琴百般不是滋味。
真琴在時空穿梭中發現，功介為了她，拒絕學妹的告白，這迫使她不得不認真回想三人相處的時光，正視自己真正的感受，於是，她跳躍時空，製造機會讓功介與學妹認識，但也招來不幸，為了讓功介及學妹避開火車事故，真琴用了最後一次跳躍時空的能力，她在意外中，發現千昭來自未來。
千昭之所以從未來回到現代，是想再看一眼博物館的古畫，在不期之中，與真琴和功介相遇，原來預定夏天就必須回去，卻因為和他們在一起太開心，流連於現代，他的時空跳躍器不小心損壞，在時空跳躍中，他發現功介和學妹可能會發生火車事故，為了阻止這個不幸的意外，他用了最後一次跳躍時空的能力，強行讓時間靜止。
利用時間靜止的最後幾分鐘，千昭和真琴走進博物館，穿梭於平日車來人往的馬路，他平靜的告訴真琴，一旦有人發現穿他越時空的祕密，依規定，他必須消失；在時間恢復走動的那一刻，千昭消失了。
千昭消失，沒將他的告白當回事，真琴無心造成嚴重的錯誤，而這些錯誤再也無法修正。
不停跳躍時空修改錯誤，真琴忘了，時間並不會停下來，她只是跳躍在時間的空隙間，所以，她無法細細品嚐時間流逝的美好，無法體會錯誤出糗後，在死黨面前抱怨所享有的放鬆心情，真琴其實不必浪費時間修改錯誤，因為人生不會完美無缺，每個錯誤都有存在的價值。
錯誤的價值無法立刻彰顯，只有在時間經過許久後，人類才能領悟錯誤的意義；就如同喜歡一個人，或許，無法當下瞭解自己的心意，但可以接受表白，不必擔心是個錯誤，因為，就算是錯，也錯的很美麗。
在一個人面前，能夠自由自在做自己，可以玩的很開心，就是喜歡。從友情順其自然發展成為喜歡，經常發生在不知不覺中，無法明確指出開始的時間，這種喜歡即使是短暫的一瞬間，就會讓人永難忘懷，如果奇蹟出現，真琴擁有再一次跳躍時空的能力，她一定會奮力向前，會接受千昭的告白，會勇敢的告訴友梨：「我喜歡千昭。」，因為，她深刻地瞭解，時間永遠不會等待任何人(time waits for no one)。
人類在時空中不停穿梭，遇到無數的人，在人群當中，不停尋找，就是希望，再次與曾經喜歡的人相遇。當我們找到這個人，何必膽怯的想：「這會不會是個錯誤呢？」，應該接受，應該表明自己的心意。因為，人生的奇蹟不多，時間也無法回頭。
