黑暗中，人們靠著摸索找尋前進的方向，漆黑常讓人懷疑是否會走錯路，會不會誤入歧途，然而，命運的推手自有運行的軌道。仁醫生曾擔心救人同時，也改變病人的命運、改寫歷史。在江戶城爆發嚴重的虎狼痢(霍亂)，對於是否應插手治療，他遲疑了，救人與改變命運的問題相互糾葛，讓他陷入二難，眼見所有他在意的朋友，深受霍亂折磨命在旦夕，讓他怎麼也無法置身於事外。
仁醫生深知霍亂不是老天發怒懲罰人類，是傳染病，細菌透過飲水、病人的嘔吐物及糞便而傳播，只要消毒環境、隔離病人、不飲用生水，霍亂可以預防，至於病患的治療就必須補充大量電解質。
傳染病的治療具有相當的複雜性，不像外傷，僅須藉由外科手術加以縫合，傳染病不是腦淤血，雖然開腦困難度高，但是在淤血清除後，病人又可活動自如，傳染病無法單靠醫生一己之力就可撲滅。以現今醫療的觀點，傳染病必須靠著公衛人員、醫護人員及社區所有人的動員及協力，才足以讓傳染病消聲滅跡。在沒有電視或傳播的時代，如何透過有限的管道教育社區居民呢？如何讓醫護人員專心照顧病人，而不必分心教育民眾呢？
由江戶霍亂的流行，讓觀眾看到公衛漸漸成為醫療體系重要的一環，是預防醫學及傳染病治療的重要領域，跨越醫學知識及社區動員的專業。經過數百年的演進，現今醫療系統，醫生可以專注於治療病人、研究病理及治療方法，公衛人員則著重於疾病的預防、民眾公共衛生教育及醫療資源的整合。
其後的故事中，探討另一種傳染病-梅毒，雖然與霍亂一樣都是傳染病，但傳染途徑，病菌可全然不同。梅毒的成因是複雜的病毒，主要透過接觸傳染，其治療方法與藥物的進步息息相關，至於其預防又涉及性安全教育。沒有藥劑發展為後盾，醫生基本上也只能對梅素豎起白旗，因此，仁醫生所帶領的西洋醫學所的醫生，有部份必須投身於藥物的研發與製造。
撇開仁醫生如何利用油分離青霉素雜質的專業問題，編劇巧妙利用梅毒一例，帶領觀眾經歷醫藥分家的歷史，藥物的研發由醫療領域中獨立而出，走向介於化學工業及病理研究的新領域。醫療專業領域的分工越來越細，也越來越專精，但又具有著環環相扣的緊密關係。
現代，只要受過基礎衛生教育，對於霍亂都可略知一二，足以侃侃而談霍亂的成因及治療方法，因此，我們知道霍亂不是天降大難，也不是世紀絕症，也知道安全的性行為得以讓梅毒消失。如此的發展，並非一蹴可及，而是經過數百年或甚至數千年來的知識及經驗的累積。
為什麼人類一方對於未知疾病深感恐懼，又能在恐懼中試著找出治療的方式呢？因為人類具有無比的潛能與勇氣，即使面對伸手不見五指的黑暗，就算走入歧途，還是可以開拓出柳暗花明的新道路。
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