南方仁是位腦外科醫生，自從親自執刀治療未婚妻的腦瘤，讓她因此成為植物人後，就像逃避戰爭的軍官，手不想再握手術刀，腳也不想再站在手術枱。表面上，他每天仍然回到戰場，但是不想拿起武器面對敵人，就這樣不知所以，混混噩噩一天又一天的過日子。
在命運機緣下，他回到明治維新前的江戶時代，在幽暗的林中，靠著小小的手電筒，目睹二派武士拿刀撕殺，他誤闖入對峙的情勢，要不是橘恭太郎出手相救，早就身首異地，恭太郎後來遭受重擊腦部受傷，在倒下後，他放下一個武士對死的無懼，用著微弱的氣息求南方仁救他，不然他的寡母幼妹就將流落街頭。醫生初步檢查傷口後，診斷恭太郎應是「急性硬膜下血腫」，必須立即將腦內的血塊取出，否則生命就危在旦夕。
南方仁受西式醫學訓練的專業醫生，生生活在科技進步的二十一世紀，要在人類最硬的腦部開個洞，將淤血取出，並不難、也不是什麼劃時代的技術，但是在一個仍然以燭火照明的時代，「手術」二個字等同殺人，他不僅要在有限的時間內，將病人從死神手中救回，還要面對病患家屬的質疑與不信任，最重要也最難之處，他要在完全沒有手術設備的情況下，打開人類的頭蓋骨。
為有效掌控時間，醫生命令恭太郎的妹妹咲將工匠的槌子、鉗子、剪刀等工具煮水消毒，換上一套乾淨的衣服，就靠著搖愰的燭光，在沒有精密科學儀器輔助、沒有助手協助下，開始他行醫以來最嚴苛的考驗。 =========================================================================
仁醫生來到熱鬧的江戶市集，遇到貴族橫衝直撞不長眼的騎馬，一位母親為搶救馬蹄下的孩子，被撞到額頭的血管都破裂，在缺少麻醉藥的情況下，必須馬上進行縫合手術，病人因為無法承受縫針刺肉的穿心楚痛，曾一度昏厥，醫生深知過度的疼痛足以導致人類心臟休克而死亡，救人也必須考量病人的承受力，在此二難的狀況下，讓他不知所措。在一旁守候的孩子，一邊哭，一邊為媽媽吟唱起不痛咒語，兒子的唱咒聲鼓舞了婦人的求生意志，因此讓她耐過縫合的痛苦。
縫合手術，一個醫學院學生最基礎的訓練，在正式成為醫生前，不知已縫合多少傷口，仁醫生本以為可以駕輕就熟縫合婦人傷，然而，在過程中讓他意識到，一個簡單不會失敗的手術，成功的原因並不是因為自己的醫術高超，在缺少藥物及先進工具時，自己也不過是個連減少病人痛苦都不知的庸醫，在過去14年的醫生生涯，連這些最基本的意識都沒有，也不知自己的能力是如此的有限，老是自不量力挑戰高難度的手術。
在醫藥缺乏的情況下，仁醫生好不容易救回恭太郎及初惠二人，看到病人恢復健康，看到眷屬們的笑容重回臉上，他有著當醫生的滿足與成就感，然而，初惠因為高階武士想要試試刀子是否鋒利，而死在尖銳的刀鋒下，她的死讓仁醫生百般的沮喪，也深有所感，醫生要救一個人是如此的不容易，在治療的過程中，病人必須承受痛苦與折磨，但是要奪走一個人的生命，卻是易如反掌。
生活在人分階級的時代，身為平民是無法自由自在的呼吸，生病時昂貴的醫療費用，讓人不得不放棄生命；就連武士階級也可以毫無原因理由恣意的奪走人的生命。在今天看起來如此不可思議，但是想想，人類殘害人類的歷史遠遠超過人類和平共處的時間，從封建到自由平等，人們走了一條漫漫長路，而這條路上佈滿成千上萬無辜生命的鮮血，如何平等對待每個人的生存權，在今天或許已經不值得討論，但卻值得人們永遠記得那段曾經不平等的事實，因為，人類現在能大口呼著氣，病痛時有醫生照顧，不必時時擔憂被人任意奪走生命，曾經，對許多人來說只是個如幻影般的美夢，一個願意用生命交換的夢。
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